El Viceministerio tiene su origen en la necesidad de institucionalizar el diálogo con los sectores populares tras las movilizaciones sociales de principios de siglo. En 2006, se creó el Viceministerio de Coordinación con Movimientos Sociales y Sociedad Civil mediante el Decreto Supremo N° 28606. Con la Constitución de 2009, esta entidad se consolidó como el enlace principal entre el Presidente y las bases sociales bajo el DS N° 29894.
Por otro lado, la gestión de la justicia indígena se desarrollaba en el Ministerio de Justicia. Sin embargo, en noviembre de 2025, se inició una reforma estructural para optimizar el Estado. Mediante el Decreto Supremo N° 5493, se dispuso la fusión de ambas carteras, naciendo el actual Viceministerio dependiente del Ministerio de la Presidencia, integrando la política de relacionamiento social con el fortalecimiento de la Jurisdicción Indígena Originaria Campesina.